Secara geografis Desa Karanggupito terletak pada posisi 07°35'-7°464' Lintang Selatan dan 111°15'-111°880' Bujur Timur. Topografi ketinggian desa ini adalah berupa dataran tinggi yaitu sekitar 655 m di atas permukaan air laut. Berdasarkan Data BPS Kabupaten Ngawi tahun 2011, curah hujan di Desa Karanggupito rata-rata mencapai 2.740 mm.

Secara administratif, Desa Karanggupito terletak di wilayah Kecamatan Kendal Kabupaten Ngawi dengan posisi dibatasi oleh wilayah desa-desa tetangga. Di sebelah Utara berbatasan dengan Desa Ngrayudan Kecamatan Jogorogo, Di sebelah Barat berbatasan dengan Desa Hutan Alam Gunung Lawu, Di sisi Selatan berbatasan dengan Desa Karangrejo Kecamatan Kendal, sedangkan di sisi timur berbatasan dengan desa Sidorejo Kecamatan Kendal. Jarak tempuh Desa Karanggupito ke ibu kota kecamatan adalah 6 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 15 menit. Sedangkan jarak tempuh ke ibu kota kabupaten adalah 46 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 1,5 jam.